V roku 2003 prišiel Renault s druhou generáciou, ktorý korešpondoval s obnovou úžitkovej verzie. Zmeny sa prejavili na estetickej úrovni, vo svetlometoch a mriežke chladiča, ale zmenili sa aj prívody vzduchu a nové 18-palcové kolesá. K väčšiemu výkonu prinútili aj použitý trojliter, ktorý mal teraz 188 kW (255 k). Vďaka tomu akceleroval na 100 km/hod behom 5,8 sekundy a dosiahol maximálnu rýchlosť 246 km/hod.

Na mechanickej úrovni sa zvýšil výkon vďaka príchodu nových hláv valcov, indukčného systému s voľnejším tokom a kratších prevodových pomerov. K tomu sa pridalo pruženie a pomocné rámy, ktoré boli tuhšie. Táto druhá generácia bola vyvinutá v Alpine Diepe a kým sa výroba v roku 2005 zastavila, vyšlo z výrobnej haly 1309 vozidiel s označením Phase 2.

Renault Clio V6 Phase 2
Zdroj: FavCars

Dnes sa Clio V6 považuje za modernú klasiku a skutočne exkluzívne auto, ktoré sa predáva za vysoké čísla. Bohužiaľ ho môžeme považovať aj za niečo, čo sa už nezopakuje, keďže v súčasnosti sa pri výrobe musia zohľadňovať prísne obmedzenia.